排水穴から根がでてきましたが、問題ありませんか？

出てきた根が栽培において、問題になることはありません。

排水口から根がでてきた理由は、ベンチに水が溜まっていることが原因としてあげられます。その水を根が求めて、伸びてきた可能性があります。