2年目以降の使用で、次の定植まで培地を乾いた状態のままハウスに置いておいても問題ありませんか？

問題ありません。
弊社のココピートは ダスト（微粉）を除去 しているため、培地が乾燥しても、再び灌水した際に水を弾いてしまう心配はありません。