ロックウールとココピートの灌水方法に違いはありますか？

あります。ココピートはロックウールより保水性・保肥性が高いため、ロックウール使用時よりも「少量・高頻度」での灌水を推奨しております。
両者の詳しい違いについては、こちらをご参照ください。