2 年使用する場合、培地に根が残っていても問題ありませんか？

問題ありません。
根が一部残っていても、翌年の使用に支障はありません。

再利用時は、培地の状態確認・適切な衛生管理・水分量の調整が重要です。
詳しい手順や注意点は、「再使用の注意点」をご確認ください。